MarkTechPost опубликовал подробный туториал. В нём разбирают анализ данных РНК отдельных клеток. Используют библиотеку Scanpy.
Сначала устанавливают необходимые зависимости. Затем загружают набор данных PBMC 3k. Это три тысячи иммунных клеток.
Проводят контроль качества. Фильтруют клетки и гены. Нормализуют данные и находят самые изменчивые гены.
Снижают размерность данных. Строят граф соседства. Получают UMAP-проекции и кластеры Лейдена.
Ищут маркерные гены для каждого кластера. Визуализируют результаты. Определяют типы клеток по простым правилам.
Весь код приведён в статье. Его можно скопировать и запустить. Это практическое руководство для биологов и биоинформатиков.
